В программе Вет-Ассистент реализован механизм взаимодействия с фискальными регистраторами (онлайн-кассами). В настоящее время поддерживаются кассы Атол работающие по протоколу Атол версии 3. Ведется разработка поддержки касс Эвотор.

В связи с особенностями платформы (веб-браузер) работа с кассами реализуется через специальное приложение, устанавливаемое на компьютер к которому подключается кассовый аппарат.

В программе реализована регистрация чеков при оплате услуг и при розничной продаже товаров. Так же поддерживаются операции по открытию/закрытию смены, внесение и изъятие наличности и печать ряда отчетов.