Выписать пациента из стационара можно в разделе "стационар", через контекстное меню пациента.

При выписке желательно указать комментарий.

Для принятия и выписки пациента из стационара можно сформировать свой пакет автоматически создаваемых документов в разделе 

Настройки / Стационар / Пакеты документов стационара

для каждого филиала клиники