В программе Вет-Ассистент реализован механизм взаимодействия с фискальными регистраторами (онлайн-кассами). В настоящее время поддерживаются кассы Атол работающие на платформе 5.0. Для регистрации ндс 5% и 7% прошивка кассы должна быть больше или равна 5.15.0.

В связи с особенностями платформы (веб-браузер) работа с кассами реализуется через специальное приложение, устанавливаемое на компьютер к которому подключается кассовый аппарат.

В программе реализована регистрация чеков, проверка и передача кодов маркировки при оплате услуг и при розничной продаже товаров. Так же поддерживаются операции по открытию/закрытию смены, внесение и изъятие наличности и печать ряда отчетов.